Resumen: En este trabajo se nos ha encargado el análisis de una secuencia de 17000pb de un microorganismo desconocido. Mediante el Programa informático Artemis se obtuvieron los orfs que codificaban paras las distintas proteínas y de esta manera se eligió una de ellas para realizar un estudio más co




descargar 64.55 Kb.
títuloResumen: En este trabajo se nos ha encargado el análisis de una secuencia de 17000pb de un microorganismo desconocido. Mediante el Programa informático Artemis se obtuvieron los orfs que codificaban paras las distintas proteínas y de esta manera se eligió una de ellas para realizar un estudio más co
fecha de publicación21.01.2016
tamaño64.55 Kb.
tipoResumen
b.se-todo.com > Biología > Resumen
TRABAJO DE INGENIERÍA GENÉTICA

RESUMEN:

En este trabajo se nos ha encargado el análisis de una secuencia de 17000pb de un microorganismo desconocido. Mediante el Programa informático Artemis se obtuvieron los ORFs que codificaban paras las distintas proteínas y de esta manera se eligió una de ellas para realizar un estudio más concreto de su función, estructura, etc. mediante diversos programas informáticos
INTRODUCCIÓN

El género Rhodococcus pertenece a un grupo de microorganismos aerobios de alto contenido en G+C . Son bacterias Gram posisitivas, no esporuladas que se han encontrado ampliamente distribuidos en el medio ambiente y sobre todo en suelos, reservorios de aguas, ríos, lagos y otros ambientes acuáticos. Se ha encontrado que este grupo de bacterias está relacionado con Mycobacterium, Corynebacterium,Nocardia y Gordonia.
En cuanto a su clasificación taxonómica:

-Clase Actinobacteria

-Subclase Actinobacteridae

-Orden Actinomycetales

-Suborden Corynebarterineae,

-Familia Nocardiaceae

-Género Rhodococcus.

ANÁLISIS DE INFORMÁTICOS DE LA SECUENCIA MEDIANTE EL PROGRAMA ARTEMIS
Analizando la secuencia de 17000 pb mediante el programa informático Artemis se obtuvieron los distintos ORFs que codificaban para las distintas proteínas de la bacteria.


Fig.1.Obtención de los ORFs de la secuencia mediante el programa Artemio.
De esta manera elegimos la proteína Lysyl-tRNA synthetase. La secuencia de esta proteína es la siguiente:

atgcctccatcttcctccttggccccaaacgggccatcgacgcctcacactggactcggagagacgacagtcactggaaggacctcgatggccacgagtaccggtagccctgtggacaccacggacaggcgggaccaccaccagacccgggtgacgccgaaacgcgggcggctgtcggaggttccgcacatcgcgggcctcgtcctcggcgtcttctcggtgctggtgttcctgtggagcctgtcgcccgcgctgcgctacctggtgcacacgccgcgcctgtacatcgacgactactacttcgacgcccccgacacgagcctgtcgtgggccgtcgtggtcggtctggtggcggccgcactcgcgagccgcaaacggatcgcgtggtggttgctgacgatctacctgaccctcttcgcagttctcaacgcggtcaccgcggtggcggacgagaacgtcaacgccgccgtcgcgtgcgtcgtgcagctcgcggtcgtcgggatcctgatcgcggcccgcaaggagttctacacgcgggtccgccgcggcgccgcgtggaaggcattgggcgtcctcgtgtccggcctggcggtgggcaccctgctgggctgggggctggtggagctgttcccgggcacgctgccgtcgggtcagcggttcctgtgggccctcaaccgcgtcaccgccctcgtcgtggtcgagaacgaacagttcgacggccacccccacgtcttcgtcaacaccctgctgggactgttcggggcgctcgccctgctcgcggcggtgatcacgctgttccgctcgcagcgggcgtcgaacgcgctgaccggcgacgacgaatcggcgttgcgcggcctgctcgacagcttcggtgccgacgactccctgggctacttcgcgacccgccgcgacaaggccgtcgtcttcgctccgagcggcaaggccgccgtcacctaccgcgtggagatcggcgtgtgcctggccagcggcgacccgatcggcaacccggaggcgtggccgcacgcgatcgacgcgtggctcgccctgtgctccaagtacggctgggcgcccgccgtgatgggagcgagcgaggccggcgccaccgcgtacaagcgggccggtctgtcggtgctccagctcggcgacgaggcgatcctcgaaacccgggagttcaatctgaacggccgcgagatgcggcaggtccgccaggccgtgcaccgggtccggaagcagggcgtcaccgtccgcatccgacgccaccgcgacatcccgcccgccgagatggccgacgtcgtcgcgcgtgcagatgcgtggcgcgacaccgagaccgagcgcggcttctcgatggccctgggccggctcggcgatcccctcgacggcgactgcctcctggtcgaggcgctcggcgaggacggcacggtgctgggcatgctgtcgctggtgccgtggggtccgaacggcgcatcgctcgacctgatgcgccggaacccggacgcccccaacggtgtagtcgaactgatggtcaccgaactcgcgacccgttccgacgagttcggcgtcgtgcgggtgtcgctcaacttcgcggtgttccgctccacgttcgaggagggcgcgcgcatcggcgccggtccgatcctgcgggtctggcggtcgatgctgctgttcttctcccggtggtggcagctcgaggctctgtaccgctcgaacgtcaagtaccagcccgaatgggcgccgcggtacctgtgcttcgacgacaaccggcagctgccgcgcgtcggaatcgcgtcggcgatcgccgagggtttcctgacgttgcccacgttcgggcaccgggcgaaggcgcccacgcacaccgggacccgcgccgcggtgccggcggcgctcgccgtctccggtgtcctgcacgcggacggcagtgcgcccgacgccgccgctccggcggccgacgcgcccacgggcaggacggacgggacggccccggaatcggtgggaccgcgccggcccgaacaggttcgcgtgcgcatggacaaactcgcccgcctggccgacgagggcatcgatccgtaccccgtcgcctacccgcccacccacaccgtcgccgccgcgacgtcgtccccggagggcacccgcgtgcgaatcgcggggcgcctgttgcggatccgcacgtacggcggcgtcgcgttcgcggtgctgcgggactggtccggcgacatccaggtgctcatcgaacgcaccacggtcggcgaccggctcgacgagttctccaccgacttcgacctcggcgacctcatggaggtgagcggcaccatcggccgcagccgcaagggtgaactgtcgctgctggcgacggagtggcgcatgaacggcaaatgcctgcaccccctgcccgacaagtggaagggcttgacggacgcggaaactcgcgtgcggcagcgttacgtcgacctcgcgatcaaccccgagtcgcggcggctgctggcggcgcgtaccgcgatcgtgaagtcgctgcgcgacaccctcgccggccgcgactacctcgaggtggagacgccgatcctgcagcgtatccacggcggcgccaacgcggcccccttcgtcacccatatcaatgcgtacgacctggacctgtacctgcggatcgcaccggagttgttcctcaaacgtctgtgtgtggccggtatggagaaggtgttcgagatcgggcgggtgttccgcaacgagggcgtcgacttcaagcacaacccggagttcacgatcctcgaggcgtacgaggcccacagcgactacgaacgcatgatggtgctgtgccgcgagctgatccaggccgcggccgtcgccgcacacggcagccagacgatcatgcgtcccggcccggacggcgaactcgtcgccgtcgacatctccggcgaatggcccgtgaagacgatgcacggcgcggtcgccgagaaactgggcgtggacgtcagcccggagacacccctcgaggtgctgcagaagttgtgcgacgagaacgacatcgagtaccagaagagctgggacgcaggcgcggtcgcgcaggagatgtacgagcatctggtggagggtcagaccgagttccccaccttctacaccaacttcccgacgtcgatgtcgccgctgacccgcccccaccccaccatccccggtgtggccgcgaagtgggatctggtggcgtggggcgtcgaactcggcaccgcgtacagcgaactcaccgatcccatcgaccagcgacgacggctcaccgagcagtcgctgctcgcggccggcggcgacgcggaggcgatggaactcgacgaggacttcctgcaggcgctcgagcacgcgatgccgcccaccggcgggctcggtatgggcgtcgaccggatcgtcatgctcatcaccggcggcagcatccgcgaatcgctggcgttcccgttcgccaagccgcgcaactga


La lisil-tRNA sintetasa es una proteína específica que cataliza la primera reacción que sufren los aminoácidos para intervenir en la biosíntesis de proteínas que es la unión al tRNA, en este caso, a la lisina. Por tanto se trata de una proteína importante para la síntesis de proteínas en Rhodococcus.


ESTUDIO DE LA PROTEÍNA
Mediante diversos programas informáticos se analizaron distintos aspectos de la proteína.


  1. SECUENCIA DE AMINOÁCIDOS MEDIANTE EL PROGRAMA EXPASY


M P P S S S L A P N G P S T P H T G L G E T T V T G R T S M A T S T G S P V D T T D R R D H H Q T R V T P K R G R L S E V P H I A G L V L G V F S V L V F L W S L S P A L R Y L V H T P R L Y I D D Y Y F D A P D T S L S W A V V V G L V A A A L A S R K R I A W W L L T I Y L T L F A V L N A V T A V A D E N V N A A V A C V V Q L A V V G I L I A A R K E F Y T R V R R G A A W K A L G V L V S G L A V G T L L G W G L V E L F P G T L P S G Q R F L W A L N R V T A L V V V E N E Q F D G H P H V F V N T L L G L F G A L A L L A A V I T L F R S Q R A S N A L T G D D E S A L R G L L D S F G A D D S L G Y F A T R R D K A V V F A P S G K A A V T Y R V E I G V C L A S G D P I G N P E A W P H A I D A W L A L C S K Y G W A P A V M G A S E A G A T A Y K R A G L S V L Q L G D E A I L E T R E F N L N G R E M R Q V R Q A V H R V R K Q G V T V R I R R H R D I P P A E M A D V V A R A D A W R D T E T E R G F S M A L G R L G D P L D G D C L L V E A L G E D G T V L G M L S L V P W G P N G A S L D L M R R N P D A P N G V V E L M V T E L A T R S D E F G V V R V S L N F A V F R S T F E E G A R I G A G P I L R V W R S M L L F F S R W W Q L E A L Y R S N V K Y Q P E W A P R Y L C F D D N R Q L P R V G I A S A I A E G F L T L P T F G H R A K A P T H T G T R A A V P A A L A V S G V L H A D G S A P D A A A P A A D A P T G R T D G T A P E S V G P R R P E Q V R V R M D K L A R L A D E G I D P Y P V A Y P P T H T V A A A T S S P E G T R V R I A G R L L R I R T Y G G V A F A V L R D W S G D I Q V L I E R T T V G D R L D E F S T D F D L G D L M E V S G T I G R S R K G E L S L L A T E W R M N G K C L H P L P D K W K G L T D A E T R V R Q R Y V D L A I N P E S R R L L A A R T A I V K S L R D T L A G R D Y L E V E T P I L Q R I H G G A N A A P F V T H I N A Y D L D L Y L R I A P E L F L K R L C V A G M E K V F E I G R V F R N E G V D F K H N P E F T I L E A Y E A H S D Y E R M M V L C R E L I Q A A A V A A H G S Q T I M R P G P D G E L V A V D I S G E W P V K T M H G A V A E K L G V D V S P E T P L E V L Q K L C D E N D I E Y Q K S W D A G A V A Q E M Y E H L V E G Q T E F P T F Y T N F P T S M S P L T R P H P T I P G V A A K W D L V A W G V E L G T A Y S E L T D P I D Q R R R L T E Q S L L A A G G D A E A M E L D E D F L Q A L E H A M P P T G G L G M G V D R I V M L I T G G S I R E S L A F P F A K P R N Stop


  1. TEMPERATURA DE ANILLAMIENTO


Temperatura = 93ºC


  1. CONTENIDO EN G+C


El contenido en G+C de la proteína es de 70%


  1. PESO MOLECULAR


El peso molecular de la proteína es de 1065,126kD

  1. HIDROFOBICIDAD


Using the scale Hphob. / Kyte & Doolittle, the individual values for the 20 amino acids are:

Ala: 1.800 Arg: -4.500 Asn: -3.500 Asp: -3.500 Cys: 2.500 Gln: -3.500

Glu: -3.500 Gly: -0.400 His: -3.200 Ile: 4.500 Leu: 3.800 Lys: -3.900

Met: 1.900 Phe: 2.800 Pro: -1.600 Ser: -0.800 Thr: -0.700 Trp: -0.900

Tyr: -1.300 Val: 4.200 : -3.500 : -3.500 : -0.490



Weights for window positions 1,..,9, using linear weight variation model:

1 2 3 4 5 6 7 8 9

1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00

edge center edge


MIN: -3.456

MAX: 3.133



Fig. 2. Gráfica que representa la hidrofobicidad


  1. DOMINIOS TRANSMEMBRANA


# Sequence Length: 1150

# Sequence Number of predicted TMHs: 5

# Sequence Exp number of AAs in TMHs: 139.22254

# Sequence Exp number, first 60 AAs: 0.46269

# Sequence Total prob of N-in: 0.74927

Sequence TMHMM2.0 inside 1 62

Sequence TMHMM2.0 TMhelix 63 85

Sequence TMHMM2.0 outside 86 99

Sequence TMHMM2.0 TMhelix 100 122

Sequence TMHMM2.0 inside 123 126

Sequence TMHMM2.0 TMhelix 127 149

Sequence TMHMM2.0 outside 150 152

Sequence TMHMM2.0 TMhelix 153 172

Sequence TMHMM2.0 inside 173 184

Sequence TMHMM2.0 TMhelix 185 207

Sequence TMHMM2.0 outside 208 1150


Fig. 3. Dominios transmembrana de la proteína lisil-tRNA sintetasa.


Según esto podemos decir que la proteína tiene varios dominios transmembrana pero que la mayor parte de ella es extracelular.

  1. FILOGENIA DE LA PROTEÍNA






  1. ESTRUCTURA DE LA PROTEÍNA





DISEÑO DE PRIMERS PARA LA AMPLIFICACIÓN DEL GEN POR PCR
PRIMER 1: GAATTCatgcctccatcttcctccttg Tm=60ºC

PRIMER 2: GAATTCtcagttgcgcggcttggcg Tm63ºC

El sitio de corte usado para amplificar fue EcoRI

DISEÑO DE PRIMERS PARA AMPLIFICAR FRAGMENTOS INTERNOS DEL GEN Y COMPROBAR SI DICHO GEN ES ESENCIAL O NO PARA EL ORGANISMO
Mediante el programa informático ClustalW2 se realizó el alineamiento de la proteína junto con la de otros cuatro microorganismos. Lo que se obtuvo haciendo esto fue lo siguiente:
[Rhodococcus ------------------------------------------------------------

[Corynebacterium ------------------------------------------------------------

[Rhodococcus] MPPSSSLAPNGPSTPHTGLGETTVTGRTSMATSTGSPVDTTDRRDHHQTRVTPKRGRLSE 60

[Frankia ------------------------------------------------------------

[Streptomyces ------------------------------------------------------------


[Rhodococcus ------------------------------------------------------------

[Corynebacterium ------------------------------------------------------------

[Rhodococcus] VPHIAGLVLGVFSVLVFLWSLSPALRYLVHTPRLYIDDYYFDAPDTSLSWAVVVGLVAAA 120

[Frankia ------------------------------------------------------------

[Streptomyces ------------------------------------------------------------


[Rhodococcus ------------------------------------------------------------

[Corynebacterium ------------------------------------------------------------

[Rhodococcus] LASRKRIAWWLLTIYLTLFAVLNAVTAVADENVNAAVACVVQLAVVGILIAARKEFYTRV 180

[Frankia ------------------------------------------------------------

[Streptomyces ------------------------------------------------------------


[Rhodococcus ------------------------------------------------------------

[Corynebacterium ------------------------------------------------------------

[Rhodococcus] RRGAAWKALGVLVSGLAVGTLLGWGLVELFPGTLPSGQRFLWALNRVTALVVVENEQFDG 240

[Frankia ------------------------------------------------------------

[Streptomyces ------------------------------------------------------------


[Rhodococcus ------------------------------------------------------------

[Corynebacterium ------------------------------------------------------------

[Rhodococcus] HPHVFVNTLLGLFGALALLAAVITLFRSQRASNALTGDDESALRGLLDSFGADDSLGYFA 300

[Frankia ------------------------------------------------------------

[Streptomyces ------------------------------------------------------------


[Rhodococcus ------------------------------------------------------------

[Corynebacterium ------------------------------------------------------------

[Rhodococcus] TRRDKAVVFAPSGKAAVTYRVEIGVCLASGDPIGNPEAWPHAIDAWLALCSKYGWAPAVM 360

[Frankia ------------------------------------------------------------

[Streptomyces ------------------------------------------------------------


[Rhodococcus ------------------------------------------------------------

[Corynebacterium ------------------------------------------------------------

[Rhodococcus] GASEAGATAYKRAGLSVLQLGDEAILETREFNLNGREMRQVRQAVHRVRKQGVTVRIRRH 420

[Frankia ------------------------------------------------------------

[Streptomyces ------------------------------------------------------------


[Rhodococcus ------------------------------------------------------------

[Corynebacterium ------------------------------------------------------------

[Rhodococcus] RDIPPAEMADVVARADAWRDTETERGFSMALGRLGDPLDGDCLLVEALGEDGTVLGMLSL 480

[Frankia ------------------------------------------------------------

[Streptomyces ------------------------------------------------------------


[Rhodococcus ------------------------------------------------------------

[Corynebacterium ------------------------------------------------------------

[Rhodococcus] VPWGPNGASLDLMRRNPDAPNGVVELMVTELATRSDEFGVVRVSLNFAVFRSTFEEGARI 540

[Frankia ------------------------------------------------------------

[Streptomyces ------------------------------------------------------------


[Rhodococcus ------------------------------------------------------------

[Corynebacterium ------------------------------------------------------------

[Rhodococcus] GAGPILRVWRSMLLFFSRWWQLEALYRSNVKYQPEWAPRYLCFDDNRQLPRVGIASAIAE 600

[Frankia -----------------------------MVDRRDWMTRAADEAIERAQQR-PGGAKVVC 30

[Streptomyces -----------------------MPIVAQSTETTDWVSRFADEVIAESERRAPGKPGVVV 37


[Rhodococcus --------------------------------------MSEVAAQPVDDTP--------- 13

[Corynebacterium -----------------------------------MTNSNPTSKNNSADLP--------- 16

[Rhodococcus] GFLTLPTFGHRAKAPTHTGTRAAVPAALAVSGVLHADGSAPDAAAPAADAPTGRTDGTAP 660

[Frankia ASGISPSGPIHLGNLREILVPHLVAEEIRSRGVPCEHILSWDDYDRLRKVP--------- 81

[Streptomyces ASGLSPSGPIHLGNLREVMTPHLVADEVRRRGHEVRHLISWDDYDRYRKVP--------- 88

. *
[Rhodococcus --------EQLRIRQEKRERILAEGREAYPVSVARTHSLAEIRAKYPELEPDT------- 58

[Corynebacterium --------EQLRIRREKRERILDSGLDAYPVEVDRTISISDLRSQFVVITEDLQEREEGV 68

[Rhodococcus] ESVGPRRPEQVRVRMDKLARLADEGIDPYPVAYPPTHTVAAATSS--------------- 705

[Frankia --------AGVP---ADFAEHVGRPLTAVPDPWG-EFPSWAERFKAPFRDALR------- 122

[Streptomyces --------AGVPGVDESWAEHIGKPLTSVPAPKGSPHPNWAEHFKAAMVDSLA------- 133

: . . . * . .
[Rhodococcus -------ATGDQVGVVGRVIFVRNTGKLCFATLQEGDGTQLQAMISLAAVGEDALALWKA 111

[Corynebacterium TYLEVGEETDVEVAIAGRVMFVRNTGKLCFASIQEGNGTTVQAMLSLAAVGEESLKAWKA 128

[Rhodococcus] -------PEGTRVRIAGRLLRIRTYGGVAFAVLRDWSG-DIQVLIERTTVG-DRLDEFST 756

[Frankia -------RLGIEVREISQTEMYRSGAYADGIARAIAAAPTIDGILGRYRTLQPSPTAAPA 175

[Streptomyces -------EMGVEFDGISQTAQYTSGVYREQILHAMKHRRDIDAILDQYRTKKAP--AKKS 184

. .. .: . :: :: . :
[Rhodococcus DVDLGDFVFVHGEVISSRRGELS---------------------------------VMAD 138

[Corynebacterium DVDMGDIVSVRGKVISSKRGELS---------------------------------VMAD 155

[Rhodococcus] DFDLGDLMEVSGTIGRSRKGELS---------------------------------LLAT 783

[Frankia GSGPDGSGLDGSGPRASGAGGSGPGGRAGRGGRRAGAAPGGADDVPPADVDVAADEGAAD 235

[Streptomyces QKPLDEAELEAAE-------GSG---------------------------------AAAE 204

. . . *
[Rhodococcus SWQIASKSLRPLPVAHKEMNE-ESRVRQRYADLIVRSEARENARKRVAVVRELRNALELR 197

[Corynebacterium SWHMASKSLRPLPVAFADLSE-DTRVRHRYTDLIMREQARTNALTRIKVMRALRHYLEDQ 214

[Rhodococcus] EWRMNGKCLHPLPDKWKGLTDAETRVRQRYVDLAINPESRRLLAARTAIVKSLRDTLAGR 843

[Frankia DEGSASASAYFPFRPYCEVCGRDTTVVASFDPAAGQGDYSCSACG-NHGRFDVRGPANGK 294

[Streptomyces DDGSSGSAGYFPYKPYCGNCEKDLTTVTAYDDDSTELTYACTACG-FSETVRLSEFNRGK 263

. . . : . : . : :
[Rhodococcus GFLEVETPMLQTVAGGAAARPFITHSN-ALDIDLYLRIAPELFLKRCVVGGIEKVFEIN- 255

[Corynebacterium DFLEVETPMLQTLHGGAAARPFETHSN-ALDIDLYLRIAPELYLKRCVVGGIERVFEVN- 272

[Rhodococcus] DYLEVETPILQRIHGGANAAPFVTHIN-AYDLDLYLRIAPELFLKRLCVAGMEKVFEIG- 901

[Frankia LVWKVDWPMRWAFENVAFEAGGVDHSSPGSSFTVGGSIVREVFGGEPPVYLPYSFVGVRG 354

[Streptomyces LVWKVDWPMRWAYEGVVFEPSGVDHSSPGSSFQVGGQIVG-IFGGEQPIGPMYAFVGISG 322

:*: *: . . * . . .: : *. :: . : .. :
[Rhodococcus --RNFRNEGVDSTHSPEFAMLETYEAYGTYDD---SAVMIRELVQEVAQAAFGSQVVT-- 308

[Corynebacterium --RNFRNEGVDSSHSPEFAMLETYEAWGTYET---GAKLIKGLVQSVAQEVFGTTLVT-- 325

[Rhodococcus] --RVFRNEGVDFKHNPEFTILEAYEAHSDYER---MMVLCRELIQAAAVAAHGSQTIMRP 956

[Frankia RAKLSGSAGGAPTPADALHILEPAIVRWIYARRRPNQAITVDFGAEVLRVYDEWDALNRR 414

[Streptomyces MAKMSSSKGGVPTPADALKIMEPQLLRWLYARRRPNQSFKIAFDQEIQRLYDEWDRLDAK 382

: . * . : ::*. * : : :
[Rhodococcus LADG--TEYDLSGEWKTLEMYPSLSQAIG------------VEVTPDTTVEELLALAEKV 354

[Corynebacterium LADG--TEYDLGGEWKVIEMYPSLNEALAR------KFPGQPEVTIDSTVEELREIAKVI 377

[Rhodococcus] GPDGELVAVDISGEWPVKTMHGAVAEKLG------------VDVSPETPLEVLQKLCDEN 1004

[Frankia VGDGAAEPAENTVVARSRGTVEGGPVDAPRTVFPFRLLSSICDITADDPTQILRILRQAR 474

[Streptomyces VADGSALPADAAAHARAVGTAAGELPRTPR-PLPYRTLASVADITAGHEDQALRILGELD 441

** : . ::: : * : .
[Rhodococcus GLEVPKDKG--------YGHGKLVEELWEHQCGDQLFEPTFVRDFPVETSPLTRDHRSKA 406

[Corynebacterium GLSVPENGG--------WGHGKLVEEIWELLCEDQLYGPIFVKDFPVETSPLTRQHRTKP 429

[Rhodococcus] DIEYQKS----------WDAGAVAQEMYEHLVEGQTEFPTFYTNFPTSMSPLTRPHPTIP 1054

[Frankia GSDAAGGSGADAAGQAPFSLDDLQPRLDAARAWTREHVPAEQRTIVRTEPDRAALAGLSA 534

[Streptomyces PANPIA------------SLDEARPRYDKAEAWINTHVPADQRTIVRQEPDAELLKSLDE 489

. . . . . * : .
[Rhodococcus GVTEKWDLYIRGFELATGYSELVDPVIQRERFVDQARLASA--GDDEAMALDEEFLAAME 464

[Corynebacterium GVTEKWDLYVRGFELATGYSELIDPVIQRERFEDQARLAAD--GDDEAMVLDEDFLTAME 487

[Rhodococcus] GVAAKWDLVAWGVELGTAYSELTDPIDQRRRLTEQSLLAAG--GDAEAMELDEDFLQALE 1112

[Frankia DETKALAILVDGLEEDWSLDGLTTLTYAVPKLLRGLPADAP---ATTELKQAQRAFFVLI 591

[Streptomyces PSRQSLRLLLDGLADHWSLDGLTHHVYGVPKVQAGFPADATPKELPPEIKTAQRTFFALL 549

: *. . . * :. : : : : .:
[Rhodococcus QGMPPTTGTGMGIDRLLMALTGLGIRETILFPIVRPSSR 503

[Corynebacterium QGMPPTSGNGMGIDRLLMALTGLGIRETVLFPMVKPEQK 526

[Rhodococcus] HAMPPTGGLGMGVDRIVMLITGGSIRESLAFPFAKPRN- 1150

[Frankia YRLLVGRDTGPRLPTLLLAVGPERIRTLLAATAE----- 625

[Streptomyces YHLLVGRDTGPRLPTLLLAVGQDRVRTLLGE-------- 580

: . * : ::: : :* :
De esta forma vemos los aminoácidos conservados. Para saber, si es o no esencial para mi microorganismo ese gen, se ha elegido un aminoácido conservado, la Leucina de la posición 997.

La Leucina es un aminoácido aminoácido hidrofobico. Estos aminoácidos son menos solubles en el agua que los aminoácidos con grupos R polares.

Si se hace una mutación y cambio la T por una A, obtengo un aminoácido hidrofílico, glutamina: CAG

PRIMER 1: GAATTC atgcctccatcttcctccttg

PRIMER 2 Mut1: cctcga ggtgCAGcagaagttg Tm=59ºC

PRIMER3:mut2:tcgaggcaacttctgCTGcacc Tm=59ºC

PRIMER 4: GAATTC tcagttgcgcggcttggcg
DISEÑO DE PRIMERS PARA REALIZAR FUSIONES GÉNICAS ENTRE LA PROTEÍNA DE INTERÉS CON LA PROTEÍNA FLUORESCENTE VERDE PARA ESTUDIAR SU LOCALIZACIÓN CELULAR O SU CONCENTRACIÓN A LO LARGO DEL CRECIEMIENTO DEL MICROORGANISMO

Para localizar nuestra proteína necesitamos hacer primers para crear una proteína de fusión con la proteína fluorescente verde o también podemos meterlo en el plásmido pGFPuv.

Los primers son los siguientes;
Primer1: GAATTCatgcctccatcttcctccttg Tm= 60ºC
Primer 2: cttctcctttactcat gttgcgcggcttg Tm:63ºC
Primer 3: gccgcgcaac atgagttaaaggagaagaac Tm=63ºC
Primer 4: GAATTC ttatttgtatag ttc atccatg ccatg tg Tm=60ºC

El plásmido de fusión pGFPuv utilizado es el siguiente:


similar:

Resumen: En este trabajo se nos ha encargado el análisis de una secuencia de 17000pb de un microorganismo desconocido. Mediante el Programa informático Artemis se obtuvieron los orfs que codificaban paras las distintas proteínas y de esta manera se eligió una de ellas para realizar un estudio más co iconResumen En este trabajo se presenta un análisis acerca de la identidad...

Resumen: En este trabajo se nos ha encargado el análisis de una secuencia de 17000pb de un microorganismo desconocido. Mediante el Programa informático Artemis se obtuvieron los orfs que codificaban paras las distintas proteínas y de esta manera se eligió una de ellas para realizar un estudio más co iconResumen el presente trabajo de investigación, consiste en el análisis...

Resumen: En este trabajo se nos ha encargado el análisis de una secuencia de 17000pb de un microorganismo desconocido. Mediante el Programa informático Artemis se obtuvieron los orfs que codificaban paras las distintas proteínas y de esta manera se eligió una de ellas para realizar un estudio más co iconResumen: El trabajo planteado se centrará en el estudio de una de...
«Vivimos en un círculo extraño, cuyo centro está en todas partes y su circunferencia en ninguna»

Resumen: En este trabajo se nos ha encargado el análisis de una secuencia de 17000pb de un microorganismo desconocido. Mediante el Programa informático Artemis se obtuvieron los orfs que codificaban paras las distintas proteínas y de esta manera se eligió una de ellas para realizar un estudio más co iconEn clase de cmc de 1º De Bachillerato, los alumnos realizan la secuenciación...

Resumen: En este trabajo se nos ha encargado el análisis de una secuencia de 17000pb de un microorganismo desconocido. Mediante el Programa informático Artemis se obtuvieron los orfs que codificaban paras las distintas proteínas y de esta manera se eligió una de ellas para realizar un estudio más co iconEl estudio de la motivación está interesado, en primer lugar, en...

Resumen: En este trabajo se nos ha encargado el análisis de una secuencia de 17000pb de un microorganismo desconocido. Mediante el Programa informático Artemis se obtuvieron los orfs que codificaban paras las distintas proteínas y de esta manera se eligió una de ellas para realizar un estudio más co iconResumen La enseñanza por medio del estudio o análisis de casos es...

Resumen: En este trabajo se nos ha encargado el análisis de una secuencia de 17000pb de un microorganismo desconocido. Mediante el Programa informático Artemis se obtuvieron los orfs que codificaban paras las distintas proteínas y de esta manera se eligió una de ellas para realizar un estudio más co iconResumen El objetivo de este artículo es realizar un análisis conceptual...

Resumen: En este trabajo se nos ha encargado el análisis de una secuencia de 17000pb de un microorganismo desconocido. Mediante el Programa informático Artemis se obtuvieron los orfs que codificaban paras las distintas proteínas y de esta manera se eligió una de ellas para realizar un estudio más co iconEn el Chicago distópico de Beatrice Prior, la sociedad está dividida...

Resumen: En este trabajo se nos ha encargado el análisis de una secuencia de 17000pb de un microorganismo desconocido. Mediante el Programa informático Artemis se obtuvieron los orfs que codificaban paras las distintas proteínas y de esta manera se eligió una de ellas para realizar un estudio más co iconResumen En este trabajo investigaremos sobre los distintos tipos...

Resumen: En este trabajo se nos ha encargado el análisis de una secuencia de 17000pb de un microorganismo desconocido. Mediante el Programa informático Artemis se obtuvieron los orfs que codificaban paras las distintas proteínas y de esta manera se eligió una de ellas para realizar un estudio más co iconResumen nuestro trabajo consiste en crear una nueva raza de cuyes...




Todos los derechos reservados. Copyright © 2015
contactos
b.se-todo.com