Cursos de campo: Podrán impartirse de manera intensiva, los profesores deberán entregar un reporte de las prácticas/proyectos realizados, a manera de memoria, al final del semestre




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C O N V O C A T O R I A PARA IMPARTIR ASIGNATURAS SEMESTRE 2010-2


(2 de febrero al 28 de mayo de 2010)
Fecha límite para registro de asignaturas: 6 de noviembre de 2009

El Comité Académico del Posgrado en Ciencias Biológicas invita a todos los profesores e investigadores de la UNAM a someter solicitudes para impartir asignaturas obligatorias y optativas de la Maestría en Ciencias Biológicas, durante el semestre 2010-2. También podrán participar profesores e investigadores externos a la UNAM. En ambos casos, es indispensable poseer un grado de Maestría o Doctorado.


  • El Comité Académico evaluará su curriculum vitae* y el programa de la asignatura*.

  • Todas las asignaturas obligatorias y optativas son objeto de evaluación por parte de los alumnos poco antes de la conclusión de cada semestre. Esta evaluación incluye las (a) Estrategias pedagógicas, (b) Apoyo a la formación de los alumnos y (c) Compromiso de los profesores. Los profesores recibirán un informe confidencial sobre su desempeño en estos aspectos una vez concluido el curso. La evaluación de la docencia tiene como propósito el mejoramiento continuo de la enseñanza de nuestro Programa de Posgrado.

  • Las asignaturas no serán remuneradas.

* En el caso que un Profesor imparta una asignatura por primera vez o se trate de una asignatura nueva.
BASES
1. Llenar la solicitud para impartir una asignatura en el Posgrado en Ciencias Biológicas (no olvide indicar el RFC con homoclave y la CURP).


  1. ASIGNATURAS OBLIGATORIAS: Deberán impartirse durante las 16 semanas (64 horas) del semestre lectivo.

  2. ASIGNATURAS OPTATIVAS: Podrán impartirse de manera intensiva, pero deberán cubrir 64 horas.

  3. CURSOS DE CAMPO: Podrán impartirse de manera intensiva, los profesores deberán entregar un reporte de las prácticas/proyectos realizados, a manera de memoria, al final del semestre.


2. Llenar el NUEVO FORMATO del curso con el programa (Indispensable). Se anexa ejemplo de llenado.

Los formatos de solicitud y programa de curso se pueden bajar de la página del Posgrado en Ciencias Biológicas (http://pcbiol.posgrado.unam.mx) y enviarlo a la entidad que le corresponda:

Oficina de Posgrado del Centro de Investigaciones en Ecosistemas

Correo electrónico: dolores@oikos.unam.mx

División de Estudios de Posgrado de la Facultad de Ciencias

Correo electrónico: jefatura.posgrado@ciencias.unam.mx

División de Estudios de Posgrado e Investigación de la FES Iztacala


Correo electrónico: oncydium2000@yahoo.com

División de Estudios de Posgrado e Investigación de la FES Zaragoza


Correo electrónico: rociorh@puma2.zaragoza.unam.mx

Oficina de Posgrado de la Facultad de Medicina


Correo electrónico: erikarr@liceaga.facmed.unam.mx

Oficina de Posgrado del Instituto de Biología


Correo electrónico: posgrado@ibiologia.unam.mx

Oficina de Posgrado del Instituto de Ecología


Correo electrónico: posgrado@ecologia.unam.mx

Oficina de Posgrado del Instituto de Geología


Correo electrónico: pcienbio@geologia.unam.mx

Instituto de Investigaciones Biomédicas


Correo electrónico: betysecre@yahoo.com.mx

Laboratorio Ecología de Poblaciones, 2° piso Instituto de Ecología

(Orientación en Restauración Ecológica)

Correo electrónico: arandav@ecologia.unam.mx

Atentamente

Comité Académico del Posgrado en Ciencias Biológicas



COORDINACIÓN

SOLICITUD PARA IMPARTIR ASIGNATURAS SEMESTRE 2010-2


(el llenado de todos los campos, incluidos RFC y CURP, es obligatorio)
1. Datos de profesores
1. Profesor 1 (Coordinador de la asignatura):
Grado y nombre completo: ____Dr. Atilano Contreras Ramos___________________________________________________________________
RFC (con homoclave): ____CORA620215-RF4_________ CURP: ____CORA620215HTSNMT01___________________
Lugar de trabajo: __IBUNAM________ Teléfono: ___5622-9157______ Correo E.: _________­­­­­­­­­acontreras@ibiologia.unam.mx_________
2. Profesor 2:
Grado y nombre completo: ____Dr. Alejandro Zaldívar Riverón__________________________________________________________________
RFC (con homoclave): __ ZARA730305-1GA_____________ CURP: ____________________________________________________________
Lugar de trabajo: __ IBUNAM ______________ Teléfono: __5622-9133 _______ Correo E.: ___­­­­­­­­­­­­­­­­­­­azaldivar@ibiologia.unam.mx ___________
3. Profesor 3:
Grado y nombre completo: __Dra. Patricia Escalante Pliego______________________________________________________________________
RFC (con homoclave): ____EAPB570407-JM5_______ CURP: ____EAPB570407MDFSLR09 __________________________________
Lugar de trabajo: ____IBUNAM_____________________ Teléfono: _­­___5622-9161 ____ Correo E.: __tilmatura@ibiologia.unam.mx_­­­­­___
4. Profesor 4:
Grado y nombre completo: _______________________________________________________________________________________________
RFC (con homoclave): _______________________________ CURP: ____________________________________________________________
Lugar de trabajo: ________________________________ Teléfono: ___________________ Correo E.: ___­­­­­­­­­­­­_________________________
2. Datos de la asignatura (4 horas por semana, 8 créditos, 64 horas = 16 semanas por semestre)
Nombre de la Asignatura: _____Sistemática I (Sistemática Filogenética)___________________________________________________________
Requisitos para estudiantes: __Que pertenezca a la orientación, o recomendación por su comité tutoral.___________________________
Orientación en la que se ofrece (puede señalar más de una opción):
Biología Ambiental [ ] Biología Experimental [ ] Sistemática [X] Restauración Ecológica [ ]
No. Máximo de alumnos: _30__ Salón-Laboratorio: _________Salón (3 sesiones en aula de cómputo)__________________________________
¹*Horario propuesto: ___Ma y Ju, 9–11___________ Horas/sem. Teóricas/Prácticas: _4 hrs/semana, teóricas (3 sesiones en aula de cómputo).__
Lugar donde se impartirá la asignatura: _Aula 1 de posgrado, Instituto de Biología_______________________________________________________
²*Viaje de práctica: Si [ ] No [ X ] Destino: _____________________ Duración: ____________ Fechas: _________________
3. Anexar la siguiente información:

  • currículum vitae ³*

  • Programa actualizado de la asignatura en el NUEVO formato del curso con el programa (Indispensable).

¹* Favor de verificar los horarios disponibles para el posgrado en su entidad.

²* El apoyo económico se otorga sujeto a disponibilidad presupuestal, a las asignaturas que tienen inscritos al menos cinco alumnos del posgrado. Anexar presupuesto desglosado e itinerario preciso. Los profesores deberán entregar al finalizar la asignatura un reporte de la práctica y proyectos realizados a manera de memoria.



UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO

PROGRAMA DE POSGRADO EN CIENCIAS BIOLÓGICAS

Denominación de la actividad académica (completa): Sistemática I (Sistemática Filogenética)

Clave:

(no llenar)


Semestre:

2010-2

Campo de conocimiento:

Sistemática

Número de Créditos:

8

Carácter

(es decir si la actividad académica es obligatoria, optativa, obligatoria de elección u optativa de elección)


Horas

Horas por semana

Horas por semestre

Teóricas

58

Prácticas

6

4

64

Modalidad

Curso teórico, con 3 sesiones en aula de cómputo.


Duración del curso
Un semestre


Seriación indicativa u obligatoria antecedente, si es el caso: No aplica



Seriación indicativa u obligatoria subsecuente, si es el caso: No aplica



Objetivo general:

Este es un curso obligatorio de 64 hrs. y 8 créditos en el que se describen las principales escuelas de sistemática en un contexto histórico, con sus respectivos métodos de reconstrucción filogenética. El principal componente del curso es teórico pero habrá prácticas específicas para los grandes temas en las que se usarán diferentes programas de cómputo.




Objetivos específicos:

Que el alumno comprenda los fundamentos teóricos de las escuelas de sistemática filogenética y sea capaz de formular e interpretar hipótesis de relaciones filogenéticas evolutivas entre taxones, empleando para ello los principales programas de cómputo.
Que el alumno conozca los principales métodos de reconstrucción filogenética empleados en la actualidad, así como la relevancia del enfoque filogenético para la sistemática y otras disciplinas biológicas.



Temario


Horas

Teóricas

Prácticas

Unidad 1. INTRODUCCIÓN

  1. Sistemática y Taxonomía: conceptos generales; la sistemática como disciplina en la Biología.

2. Historia de la Sistemática: breve historia de las clasificaciones biológicas.

3. Filosofías en la reconstrucción filogenética: Evolucionismo, Feneticismo, Cladismo y Uso de Modelos Evolutivos.


4




Unidad 2. CONCEPTOS DE ESPECIE Y MODELOS DE ESPECIACIÓN

  1. Nominalismo vs. realismo.

  2. Conceptos de especie (tipológico, paleontológico, biológico, evolutivo, filogenético, entre otros).

  3. Anagénesis y cladogénesis.

  4. Modelos de especiación: alopátrida, simpátrida, parapátrida, peripátrida.




8




Unidad 3. TAXONES SUPRAESPECÍFICOS

1. Conceptos.

2. Grupos monofiléticos, parafiléticos y polifiléticos.


2




Unidad 4. HOMOLOGÍA

  1. Definición de homología.

  2. Establecimiento de hipótesis de homología primaria (reglas para su postulación: conjunción, similitud y congruencia).

  3. Homología secundaria.

  4. Tipos de homología: apomorfías (autapomorfía, sinapomorfía), plesiomorfías (simplesiomorfía).

  5. Homoplasia.




6




Unidad 5. CARACTERES
  1. Caracteres, estados de carácter; series de transformación y polaridad.


  2. Tipos de caracteres organísmicos (continuos, discontinuos; binarios, multiestado; morfológicos, ecológicos, etológicos).

  3. Caracteres moleculares. Alineamiento de secuencias de DNA.

  4. Ventajas y desventajas de los diferentes tipos de caracteres.

6




Unidad 6. UNIDADES TERMINALES Y TAXONES
  1. Muestreo de terminales (individuos, poblaciones, especies, taxones supraespecíficos, genes, etc.).


  2. Muestreo de taxones: Grupo interno y externo.

  3. Análisis de datos por separado vs. análisis simultáneos.

  4. Problema de datos faltantes.

4




Unidad 7. MÉTODO DE PARSIMONIA
  1. Conceptos generales.

  2. Argumentación Hennigiana.

  3. Optimización de caracteres: Wagner, Fitch, Dollo, Sankoff.

  4. Estadísticas de los árboles (longitud, índices de consistencia, retención y re-escalado).


  5. Tipos de búsqueda exhaustivas y exactas (enumeración implícita, branch & bound).

  6. Búsquedas heurísticas (NNI, SPR, TBR, parsimonia de matraca y nueva tecnología).

  7. Medidas de apoyo de las ramas (bootstrap, Jacknife, soporte de Bremer).

  8. Árboles de consenso y compromiso.

  9. Ventajas y desventajas del método de parsimonia.

10

4

Unidad 8. MÉTODOS DE DISTANCIA

    1. Conceptos generales

    2. Métodos de distancia (NJ, UPGMA).

4




Unidad 9. MÉTODOS PROBABILÍSTICOS BASADOS EN MODELOS

      1. Conceptos generales

      2. Uso de modelos de evolución: Pruebas de saturación, selección de modelos (Modeltest), parámetros, análisis con particiones y selección de estrategias de partición de datos.

      3. Criterios de optimización: máxima verosimilitud e inferencia Bayesiana.

      4. Inferencia Bayesiana: número de generaciones en un análisis, muestreo de árboles de la distribución posterior (método MCMC), determinación del ‘burn-in’.

      5. Resumiendo la distribución posterior: probabilidades Bayesianas posteriores.

      6. Ventajas y desventajas de los métodos probabilísticas.




8

2

Unidad 10. APLICACIONES DE LAS HIPÓTESIS FILOGENÉTICAS


  1. Fechamiento de clados, reconstrucción de caracteres ancestrales.

  2. Clasificaciones taxonómicas y nomenclatura.

  3. Adaptación, exaptación y coevolución.

  4. Biogeografía.

  5. Diversidad y conservación.

6




Total de horas teóricas

58




Total de horas prácticas




6

Suma total de horas

(debe coincidir con el total de horas al semestre)

64





Bibliografía básica

Anderson D.R. 2008. Model Based Inference in the Life Sciences: A Primer on Evidence. Springer, Basel.

Bovens L & S. Hartmann. 2004. Bayesian Epistemology. Oxford University Press, Oxford.

Brooks, R.D. & D. MacLennan. 1991. Phylogeny, Ecology and Behavior. A Research Program in Comparative Biology. Chicago University Press, Chicago.

Brown, J.H. & M.V. Lomolino. 1998. Biogeography. Sinauer, Suderland, Massachusetts.

Eldredge, N. 1985. Unfinished Synthesis. Oxford University Press. New York.

Felsenstein, J. 2004. Inferring phylogenies. Sinauer Associates, Inc., Sunderland.

Gould S.J. & R. Lewontin. 1979. The Spandrels of San Marco and the Panglossian Paradigm: A Critique of the Adaptionist Programme. Proc. R. Soc. London, 1978, 205: 581-598.

Hair, J. F., R.E. Anderson, R. L. Tatham, y W. C. Black. 1999. Análisis multivariante. Prentice Hall, Madrid

Hall, B. G. 2008. Phylogenetic trees made easy. A how-to manual. 3era ed. Sinauer Associates, Inc., Sunderland.

Harvey, P. H., A. J. L. Brown, J. M. Smith y S. Nee (eds.). 1996. New uses for new phylogenies. Oxford University Press, Oxford.

Hennig, W. 1966. Phylogenetic Systematics. Tercera edición 1999, University of Illinois Press, Chicago.

Hillis, D.M., C. Moritz & B.K. Mable (Eds.). 1996. Molecular Systematics. Sinauer, Suderland, Massachusetts.

Kitching, I.J., P.L. Forey, C.J. Humphries & D.M. Williams. 1998. Cladistics. The Theory and Practice of Parsimony Analysis. Segunda edición, The Systematic Association Publication No.11. Oxford University Press, Oxford.

Lipscomb, D. 1996. Basics of Cladistic Analysis. George Washington University, Washington DC, EUA. (versión electrónica disponible en http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/Cladistics.pdf)

Mayr. E. 1982. The growth of biological thought: diversity, evolution, and inheritance. Belknap Press of Harvard University Press. Cambridge, Mass.

Minelli, A. 1998. Biological Systematics. The State of Art. Chapman and Hall, London.

Morrone, J.J. 2000. El lenguaje de la cladística. Dirección General de Publicaciones y Fomento Editorial, UNAM, México.

Nei, M. & S. Kumar. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press, Oxford.

Neff, N. A. y L. F. Marcus. 1980. A survey of multivariate methods for systematics. New York Privately published.

Nixon K. y H. Ochoterena. 2001. Taxonomía tradicional, cladística y construcción de hipótesis filogenéticas. En: H.M. Hernández, A.M. García Aldrete, F. Alvarez y M. Ulloa (Comps.). Enfoques Contemporáneos para el Estudio de la Biodiversidad. IBUNAM, México, pp. 15-33.

Purvis, A., J. L. Gittleman y T. Brooks (eds.). 2005. Phylogeny and conservation. Cambridge University Press, Cambridge. Sinauer Associates, Inc., Sunderland.

Salemi, M. y A.-M. Vandamme (eds.). 2003. The phylogenetic handbook. Cambridge University Press, New York.

Sanderson, M. J. y L. Hufford (eds.). 1996. Homoplasy. The recurrence of similarity in evolution. Academic Press, San Diego.

Semple C & M. Steel. 2003. Phylogenetics. Oxford University Press, Oxford.

Schuh, R.T. 2000. Biological Systematics. Principles and Applications. Cornell University Press, Ithaca.

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Sneath, P.H. y R.R. Sokal. 1973. Numerical taxonomy the principles and practice of numerical classification. W.H. Freeman and Co. San Francisco.

Wiens, J.J. 2000. Phylogenetic Analysis of Morphological Data. Smithsonian Institution Press, Washington, DC.

Winston, J.E. 1999. Describing Species. Practical Taxonomic Procedure for Biologists. Columbia University Press, New York.

Wiley, E.O. 1981. Phylogenetics. The Theory and Practice of Phylogenetic Systematics. John Wiley and Sons, New York.

Wiley, E.O., D. Siegel-Causey, D.R.Brooks & V.A. Funk. 1991. The Compleat Cladist. A Primer of Phylogenetic Procedures. The University of Kansas, Museum of Natural History, Special Publication 19, Kansas.

Williams DM & M.C. Ebach. 2008. Foundations of Systematics and Biogeography. Springer, London.

Woodland, D.W. 1997. Contemporary Plant Systematics. Berrien Springs, Michigan.



Bibliografía complementaria

(se recomienda utilizar bibliografía actualizada)


Sugerencias didácticas:

(marcar con una X la sugerencia didáctica que se utilizará para abordar los temas. Es importante tomar en cuenta que si la actividad tiene horas prácticas en las sugerencias deberá haber herramientas prácticas para el aprendizaje de los temas)
__X__ Exposición oral

__X__ Exposición audiovisual

__X__ Ejercicios dentro de clase

____ Ejercicios fuera del aula

__X__ Seminarios

__X__ Lecturas obligatorias

__X__ Trabajos de investigación

__X___ Prácticas de taller o laboratorio

____ Prácticas de campo

____ Otros (indicar cuáles)


Mecanismos de evaluación del aprendizaje de los alumnos:

(marcar con una X el mecanismo que se utilizará para evaluar el aprendizaje. Se recomienda que para la evaluación sean tomadas en cuenta las sugerencias didácticas señaladas)
__X__ Exámenes parciales

_____ Examen final escrito

__X__ Tareas y trabajos fuera del aula

__X__ Exposición de seminarios por los alumnos

__X__ Participación en clase

__X___ Asistencia

__X___ Seminario

____ Otros (indicar cuáles)



Línea de investigación:

(en caso de que la actividad corresponda a una de las línea de investigación que se desarrollan dentro de los campos de conocimiento del programa)


Perfil profesiográfico

Formación en sistemática filogenética, taxonomía, biología evolutiva.


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