Tema 5: las proteinas biologíA 2º bachillerato




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fecha de publicación25.02.2016
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TEMA 5: LAS PROTEINAS BIOLOGÍA 2º BACHILLERATO


TEMA 5 :LAS PROTEINAS.

1. CONCEPTO DE PROTEÍNA.

Podemos definirlas como polímeros formados por la unión, mediante enlaces peptídicos, de moléculas de baja masa molecular llamadas aminoácidos.

Son macromoléculas muy complejas, de elevada masa molecular (entre 6000 y 106 u'.) (1u=1da=1,66.1024g ).Algunas proteínas están constituidas por un solo polímero de aminoácidos pero otras son grandes edificios moleculares formados por varios polímeros ensamblados que además, en ciertas ocasiones, se encuentran unidos a otras moléculas orgánicas (lípidos y glúcidos principalmente).

Son las moléculas orgánicas más abundantes en las células, más del 50% del peso seco de una célula es materia proteica. Básicamente están formadas por C, H, O y N, aunque casi todas contienen además S. Otros bioelementos que con frecuencia forman parte de los prótidos son: P, Fe, Zn y Cu. De todos estos elementos el más característico de las proteínas es el N, son los compuestos nitrogenados por excelencia de todos los seres vivos.

Las funciones más importantes y específicas de la materia viva son realizadas por proteínas o por moléculas complejas en cuya composición encontramos alguna proteína.

Las proteínas son las moléculas específicas que marcan la individualidad de cada ser vivo e incluso rechazan las de otro. Además son las moléculas mediante las que se expresa la información genética, de hecho el dogma central de la genética molecular nos dice:

DNA———-> RNA ——> PROTEÍNA

2. LOS AMINOÁCIDOS.

Son las unidades estructurales que constituyen las proteínas, los monómeros que, enlazados y repetidos muchas veces, forman los distintos tipos de proteínas.Químicamente son ácidos orgánicos que llevan además del grupo carboxílico, un grupo amino. En los aminoácidos que se encuentran en las proteínas de los seres vivos el grupo amino está siempre en posición alfa, por este motivo solemos referimos a los aminoácidos con el símbolo aa . Todos los aminoácidos que se encuentran en las proteínas, salvo la prolina, responden a la fórmula general expresada a continuación.



En la fórmula general R representa el radical o "resto" de la molécula, lo que diferencia a unos aminoácidos de otros.

La R puede ser un simple H o algo más complejo como un anillo hexagonal, una corta cadena alifática, etc. En las proteínas naturales encontramos 20 aminoácidos diferentes que son prácticamente los mismos para todos los seres vivos.

Propiedades de los aminoácidos.

Los aminoácidos son compuestos sólidos; incoloros; cristalizables; de elevado punto de fusión (habitualmente por encima de los 200 ºC); solubles en agua; con actividad óptica y con un comportamiento anfótero.

La actividad óptica se manifiesta por la capacidad de desviar el plano de luz polarizada que atraviesa una disolución de aminoácidos, y es debida a la asimetría del carbono, ya que se halla unido (excepto en la glicina) a cuatro radicales diferentes. Esta propiedad hace clasificar a los aminoácidos en Dextrogiros (+) si desvian el plano de luz polarizada hacia la derecha, y Levógiros (-) si lo desvian hacia la izquierda.

El comportamiento anfótero se refiere a que, en disolución acuosa, los aminoácidos son capaces de ionizarse, dependiendo del pH, como un ácido (cuando el pH es básico), como una base (cuando el pH es ácido) o como un ácido y una base a la vez (cuando el pH es neutro). En este último caso adoptan un estado dipolar iónico conocido como zwitterión.

El pH en el cual un aminoácido tiende a adoptar una forma dipolar neutra (igual número de cargas positivas que negativas) se denomina Punto Isoeléctrico. La solubilidad en agua de un

aminoácido es mínima en su punto isoeléctrico.


  Los aminoácidos, excepto la glicina, son todos asimétricos y los que forman parte de las proteínas pertenecen a la forma L.

2.3. Clasificación de los aminoácidos.

Podemos clasificar los aminoácidos fijándonos en el radical, si tiene carácter polar o no polar y en su carga eléctrica, pero también podríamos tener en cuenta otros criterios, casi todos ellos en función de los radicales.

Se clasifican en.

- Neutros polares: Ser, Thr, Cys, Tyr, Asn, Gln.

- Neutros no polares (Apolares o Hidrófobos):Gly,Ala,Val,Leu,Ile,Met,Pro,Phe,Trp.

- Ácidos , con carga negativa: Asp, Glu.

- Básicos, con carga positiva: Lys, Arg, His.

La mayoría de los veinte aminoácidos pueden sintetizarse unos a partir de otros, pero existen algunos que no pueden obtenerse de esta manera y tienen que ser adquiridos con la dieta habitual, es decir que son aminoácidos esenciales. Los aminoácidos esenciales son diferentes para cada especie, por ejemplo en el hombre y como simple dato informativo son diez: Thr, Lys, Arg, His, Val, Leu, Ileu, Met, Phe y Trp.
2.4. El enlace peptídico.

Se trata de un enlace que se establece entre el grupo carboxilo de un aminoácido y el grupo amino de otro. La configuración espacial de este enlace es tal, que los átomos del grupo carboxílico y del grupo amino se sitúan en un mismo plano con ángulos y distancias fijos.



Este enlace tiene ciertas características que convienen remarcar:

- Es un enlace covalente muy resistente, lo que hace posible el gran tamaño y estabilidad de las moléculas proteicas.

- En cierto modo se comporta como un doble enlace, tiene una cierta rigidez e impide el giro libre a su alrededor.

- Inmoviliza en un plano a los cuatro átomos que lo integran. Las distancias y los ángulos entre estos cuatro átomos se mantienen constantes.

Es el enlace mediante el cual se encadenan los aminoácidos para formar polímeros llamados péptidos: dipéptidos, tripéptidos, tetrapéptidos, polipéptidos.


3. LOS PÉPTIDOS.

Están formados por la unión de aminoácidos mediante enlaces peptídicos. Si el numero de aminoácidos es inferior a diez, oligopéptido; si es mayor de diez, polipéptido. Si el polipéptido tiene más de cien aminoácidos o un peso molecular superior a 5.000, se denomina proteína.

Un ejemplo de péptido bien conocido es la insulina (dos cadenas de 21 y 30 aminoácidos unidos por dos puentes disulfuro entre cisternas), la encefalina (5 aminoácidos) que se produce en las neuronas cerebrales y elimina la sensación de dolor y la oxitocina (9 aminoácidos) de la hipófisis que produce las contracciones del útero durante el parto.
4. ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS

Distinguimos dos grandes grupos de prótidos: las holoproteínas, que están formadas exclusivamente por aminoácidos; y las heteroproteínas, que están formadas por holoproteínas asociadas a alguna otra molécula no proteica como puede ser un glúcido, un lípido, un ác. nucleico, etc.

La conformación de una proteína es la disposición que adopta la molécula en el espacio. En condiciones normales de pH y temperatura, las cadenas peptídicas suelen poseer una única conformación que será la responsable de sus funciones biológicas.

La estructura o conformación de las proteínas es tan complicada que para estudiarla lo hacemos a diferentes niveles de complejidad.
4.1 ESTRUCTURA PRIMARIA

Se refiere a la secuencia u orden que siguen los aminoácidos. Toda cadena polipeptídica está polarizada, esto es, posee dos extremos bien definidos. Llamamos extremo N-terminal al extremo donde se encuentra el aminoácidos con el grupo amino libre, llamamos extremo C-terminal al extremo en el que se encuentra el aminoácidos con el grupo carboxílico libre. Al enumerar los aminoácidos de una proteína lo haremos desde el extremo N-terminal hacia el C-terminal:

NHGlyGlyLys .......ValLeuCOOH

La estructura primaria es de gran importancia porque de ella van a depender todos los demás niveles estructurales. La alteración de la secuencia de aminoácidos de un polipéptido dará lugar a una proteína diferente que puede incluso perder toda actividad biológica o realizar una función diferente de la original.

Dos polipéptidos son diferentes aunque tengan exactamente los mismos aminoácidos si éstos están dispuestos en orden diferente.

    1. ESTRUCTURA SECUNDARIA.

Es la disposición de la secuencia de aminoácidos o estructura primaria en el espacio, sobre todo dependerá de la disposición regular y repetida de los radicales R.

La estabilidad de esta estructura se debe a la capacidad de giro de los enlaces (de todos excepto de los enlaces peptídicos) y a la formación de puentes de hidrógeno entre los: C = O :::::: H N

Se conocen básicamente tres tipos de estructuras secundarias:




-La alfahélice

-La hélice de colágeno

-La disposición beta o de lámina plegada.

En realidad en los tres casos se trata de disposiciones helicoidales que se diferencian únicamente en el paso de vuelta (p), el número de aminoácidos por vuelta (n) y el diámetro de la hélice. En la alfahélice n = 4, en la hélice del colágeno n = 3, y en la disposición beta n = 2.

A continuación pasaremos a estudiar la alfahélice y la disposición beta como configuraciones más frecuentes.

* AlfaHélice. En la conformación de la estructura secundaria en Alfahélice, la cadena de aminoácidos se enrolla sobre sí misma, en forma de hélice que gira hacia la derecha, debido a la especial disposición en que se van orientando los aminoácidos al enlazarse y que determina que cada plano que contiene un enlace peptídico realice un giro determinado respecto al plano anterior. Los puentes de hidrógeno que se establecen entre los:

C = O :::::: H-N

de las espiras vecinas son los responsables de la estabilidad de esta estructura.

En el caso de la hélice de colágeno la disposición es similar pero la hélice que resulta está más distendida porque la abundancia de aminoácidos como la prolina e hidroxiprolina, que poseen un radical muy voluminoso, dificultan la formación de puentes de hidrógeno entre las espiras. La estabilidad final de ésta estructura se consigue por la asociación de tres hélices para formar una superhélice que gira hacia la izquierda. Por este motivo, tres polipéptidos ensamblados, para muchos bioquímicos esa seria una estructura típicamente cuaternaria. Esta estructura es prácticamente exclusiva del colágeno, de ahí su nombre.



Estructura secundaria en hoja plegada &

* La disposición beta o en lámina plegada, es también una hélice pero no existen puentes de hidrógeno entre las espiras y la hélice está tan relajada que recuerda un zigzag. La estabilidad de esta estructura se logra al asociarse varias moléculas polipeptídicas o segmentos de una misma proteína mediante puentes de hidrógeno. Se forma entonces una especie de lámina plegada o en zigzag en la cual los radicales (R) de los aminoácidos, que suelen ser muy cortos, aparecen situados por encima y por debajo de esta lámina plegada.

4.3 ESTRUCTURA TERCIARIA

Es la disposición que adquiere en el espacio la estructura secundaria.




Una secuencia de aminoácidos en disposición alfa o beta, normalmente no se dispone en linea recta, sino que se dobla o retuerce, adquiriendo lo que llamamos estructuras terciarias.

Básicamente distinguimos dos tipos de estructuras terciarias: la filamentosa y la globular. También es cierto que para muchos autores la estructura filamentosa es la ausencia de estructura terciaria.

Las proteínas con conformación filamentosa o fibrosa, suelen ser estructurales, de protección o ambas cosas a la vez. Mantienen la disposición alargada y no se retuercen y por este motivo podemos decir que carecen de estructura terciaria. Son insolubles en agua y soluciones salinas: betaqueratina, colágeno, elastina, etc.

Las proteínas que realmente adquieren estructuras terciarias con pliegues, repliegues y dobleces son las proteínas con conformación globular. Suelen ser dinámicas o dinámicoestructurales, la estructura secundaria se dobla y retuerce varias veces hasta adquirir una forma más o menos globular o esférica, son solubles en agua y/o disoluciones salinas.

Los tramos rectos de las proteínas globulares generalmente tienen estructura secundaria en alfahélice, los tramos donde dobla la cadena polipeptídica tienen disposición beta.

Son globulares, por ejemplo, los enzimas, las proteínas de membrana, muchos transportadores, etc.

En una proteína globular pueden existir diferentes segmentos de alfahélices y/o de láminas beta, pero siempre se encuentran las formas beta en el centro y las formas alfahélice en la superficie. Por otra parte el polipéptido siempre se dobla de manera que los radicales hidrófobos quedan en el centro del glóbulo y los hidrófilos en la superficie excepto en el caso de las proteínas de membrana que, al estar inmersas en un ambiente lipídico, disponen sus radicales hidrófobos en la superficie.

Estas estructuras globulares se forman y se mantienen debido a la presencia de:

* Enlaces covalentes fuertes entre los radicales de los aminoácidos, como los puentes disulfuro que se establecen entre dos aminoácidos con azufre (cisternas y metioninas)

* Otros enlaces débiles como puentes de hidrógeno. Van der Waals, interacciones eléctricas, interacciones ácido base e interacciones hidrofóbicas.

4.4. Estructura cuaternaria

Cuando varias cadenas de aminoácidos, iguales o diferentes, se unen para formar un edificio proteico de orden superior, se disponen según lo que llamamos estructura cuaternaria. También se considera estructura cuaternaria la unión de una o varias proteínas a otras moléculas no proteicas para formar edificios macromoleculares complejos.

Cada polipéptido que interviene en la formación de este complejo proteico es un protómero y según el número de protómeros tendremos: dímeros, tetrámeros, pentámeros, etc.

La asociación o unión de las moléculas que forman una estructura cuaternaria, se consigue y mantiene mediante enlaces de hidrógeno, fuerzas de Van der Waals, interacciones electrostáticas y algún que otro puente disulfuro.

Un ejemplo de estructura cuaternaria es la hemoglobina, formada por las globinas o parte proteica (dos cadenas alfa y dos cadenas beta) más la parte no proteica o grupos Hemo.

La conformación espacial cuaternaria de los prótidos es la responsable de su actividad biológica, esta función se puede ver alterada cuando hay modificación de la secuencia de aminoácidos o estructura primaria: en el caso de la anemia falciforme, el aminoácido n° 6 de las cadenas b (el glutámico) es sustituido por la valina, como consecuencia de esto se

produce un ensamblaje anormal de los componentes de la hemoglobina que tiene como consecuencia la perdida de su funcionalidad; transporta menor cantidad de 02 y los eritrocitos adoptan forma de hoz.

En el esquema anterior se pueden comparar y diferenciar con claridad los cuatro niveles estructurales que acabamos de estudiar.

5. PROPIEDADES DE LAS PROTEÍNAS.

Las propiedades de una proteína, incluso su carga eléctrica, dependen de los restos o radicales de los aminoácidos que quedan en su superficie y que podrán interaccionar mediante enlaces covalentes o no covalentes con otras moléculas. A continuación veremos las propiedades más importantes:

5.1 Solubilidad.

Las proteínas (sobre todo las globulares) en soluciones acuosas forman dispersiones coloidales debido a la polaridad de algunos radicales hidrófilos de los aminoácidos que se quedan dispuestos en la periferia de la molécula. Cada macromolécula proteica queda rodeada de moléculas de agua y no contacta con otras macromoléculas gemelas con lo que no puede producirse la precipitación.

5.2 Desnaturalización.

Las alteraciones de la concentración, del grado de acidez, de la temperatura (calor); provocan la pérdida de solubilidad de las proteínas y la consecuente precipitación. A todo este proceso lo llamamos desnaturalización.

Esto es debido a la desaparición de los enlaces débiles tipo puente de hidrógeno. Van der Waals, etc. y en realidad no afecta a los enlaces peptídicos y por tanto a la estructura primaria. Sin embargo al ver alterada su conformación espacial, la proteína perderá su funcionalidad biológica.

Puede existir una renaturalización casi siempre, excepto cuando el agente causante de la desnaturalización es el calor (coagulación de la leche, huevos fritos, "permanente" del cabello, etc.).

5.3 Especificidad.

En las proteínas existen sectores fijos que tienen siempre la misma secuencia de aminoácidos y sectores variables que pueden alterar la secuencia de sus aminoácidos sin que se altere la función biológica de la proteína. Este hecho da lugar a que a lo largo de la evolución se desarrollen infinidad de moléculas proteicas diferentes para cumplir la misma función y por la tanto a que cada especie, o incluso cada individuo, tenga sus propias proteínas especificas.

Estos sectores fijos corresponden a los denominados dominios estructurales que están formados por determinadas combinaciones de hélices alfa y láminas beta que forman estructuras compactas y estables, que desempeñan funciones concretas, hasta el punto de aparecer en proteínas diferentes.

La especificidad de las proteínas dependerá por lo tanto de los sectores variables y a ellos se deben, por ejemplo, los problemas de rechazos en los transplantes de órganos.

Por ejemplo: La insulina consta de 51 aminoácidos en todos los mamíferos, que están distribuidos en dos cadenas, de 21 y 30 aminoácidos respectivamente, unidas mediante dos enlaces disulfuro; de éstos 51 aminoácidos, la mayoría son los mismos en todas las especies, pero unos pocos (Ires de la cadena corta) varían de unas a otras. En la anemia falciforme se descubrió que las cadenas alfa son idénticas en ambos casos, pero en las cadenas beta se encuentra sustituido el aminoácido situado en la posición 6 (en las personas normales es el ácido glutámico y en las que tienen anemia falciforme es la valina)

6. RELACIÓN ENTRE LA FORMA Y LA FUNCIÓN BIOLÓGICA DE LAS PROTEÍNAS CENTRO ACTIVO.

Los diferentes papeles biológicos de estas moléculas van a depender de la forma que adopten en su conformación espacial.

Centro activo.

Llamamos ligando a cualquier molécula que interaccione con una proteína o complejo proteico y para que esta interacción tenga éxito es necesario que ambas moléculas adapten perfectamente sus superficies. El ligando debe "encajar" en algún lugar de la proteína que llamamos centro activo o locus.

El centro activo está formado por unos pocos aminoácidos que además suelen estar muy distantes unos de otros en la secuencia primaria de la proteína, pero que debido a los pliegues y repliegues que marcan la estructura terciaria, se quedan localizados, espacialmente, muy próximos unos de otros y, sobre todo, formando una especie de hueco donde encajará el ligando.

El resto de los aminoácidos de la proteína tienen como misión mantener la forma y la estructura que se precisa para que el centro activo se encuentre en la posición correcta. Para que una proteína y un ligando se unan o se reconozcan deben establecerse entre ambas moléculas varios puntos de interacción del tipo enlaces débiles, especialmente fuerzas de Van der Waals, puentes de hidrógeno, etc.

Estas interacciones se deben a que ciertos radicales de los aminoácidos de la proteína, que están en el centro activo de la molécula, tienen afinidad química por determinados grupos funcionales presentes en el ligando. Algunas veces la unión proteína-ligando es irreversible como ocurre con las reacciones antígeno anticuerpo. Otras veces es perfectamente reversible.

Una proteína puede tener varios centros activos o loci que le permitirán unirse a varios ligandos.
7. CLASIFICACIÓN DE LAS PROTEÍNAS
Por su naturaleza y composición las proteínas se dividen en holoproteínas y heteroproteínas ( o proteínas conjugadas ).
7.1 HOLOPROTEINAS.

Son aquellas proteínas que están constituidas únicamente por aminoácidos.

Según su conformación se clasifican en:

  • Proteínas globulares. Tienen forma esférica y son solubles en disoluciones acuosas. Comprende los siguientes tipos:

    • Albúminas ( ovoalbuminas, lactoalbúminas ). Tienen función de reserva y transportadora.

    • Globulinas. Comprende las α y β-globulinas, asociadas a la hemoglobina y las γ-globulinas o inmunoglobulinas que forman los anticuerpos.

    • Protaminas e histonas, que interaccionan con el ADN eucariota.

  • Proteínas fibrosas o escleroproteínas . son insolubles en agua y desempeñan funciones estructurales, como el colágeno, la elastina o la queratina.


7.2 HETEROPROTEINAS O PROTEINAS CONJUGADAS.

Las heteroproteínas están formadas por cadenas peptídicas (grupo proteico) y sustancias no proteicas (grupo prostético).

La naturaleza del grupo prostético permite clasificarlas en:

  • Glucoproteínas. El grupo prostético es una cadena glucídica. Desempeñan diversas funciones como las proteínas de membrana, algunas hormonas,etc.

  • Lipoproteínas. El grupo prostético es una sustancia lipídica. Se trata de asociaciones con determinadas proteínas de la sangre que permiten el transporte de triglicéridos, colesterol y otros lípidos por la sangre.

  • Cromoproteínas. Su grupo prostético es una sustancia coloreada que pueden ser de dos clases:

    • De naturalezas porfirínica, como el grupo hemo de la hemoglobina y mioglobina, que contienen un catión de hierro al que deben su color rojo.

    • De naturaleza no porfirínica, es decir, sin anillos tetrapirrólicos, como la hemocianina ( que contiene cobre) , que transporta oxígeno en los invertebrados.

  • Otras heteroproteínas, como las fosfoproteínas, cuyo grupo prostético es el ácido fosfórico ( la caseina de la leche), o las nucleoproteínas, si se considera la cromatina como una interacción entre las histonas y protaminas con el ADN, que sería el grupo prostético.


8. FUNCIÓN DE LAS PROTEINAS.

De entre las funciones generales más características que las proteínas cumplen en las células podemos destacar las de tipo enzimático, reserva, estructural, contráctil, transporte, hormonal e inmunológico.

Estas funciones no son excluyentes entre si, de tal manera que, por ejemplo, una proteína puede ser al mismo tiempo estructural y enzimática, como ocurre con muchos enzimas que forman parte de las membranas celulares. Si atendemos a su actividad biológica, y aunque muchas proteínas cumplen más de una función, podemos establecer la siguiente clasificación:

* De reserva. En general las proteínas no tienen función de reserva, pero pueden utilizarse con este fin en algunos casos especiales como por ejemplo en el desarrollo embrionario: ovoalbúmina del huevo, caseína de la leche y gliadina del trigo.

* Estructural. Son un material de suma importancia que es utilizado en casi todas las estructuras celulares como membranas, material extracelular, complejos macromoleculares, asociadas al ADN, citoesqueletos, fibras del huso acromático, cilios y flagelos, ribosomas, etc.

Ej. : Glucoproteínas de la membrana plasmática, Histonas, colágeno (tejs. conectivos, tendones, hueso, cartílago, etc.), elastina (ligamentos, paredes de los vasos sanguíneos, tej, conjuntivo), queratina (en la epidermis, pelos, plumas, uñas, cuernos, escamas), fibroína (en los artrópodos, tela de araña, capullo de seda de las larvas de las mariposas).

* Homeostática. En el medio interno celular y extracelular mantienen el equilibrio osmótico.

* De transporte. Además de las proteínas de transporte que se encuentran en todas las membranas, otras proteínas transportan sustancias por los medios internos.

Como ejemplos podemos recordar: Hemoglobina que transporta 02 en la sangre de los vertebrados; hemocianina que transporta 02 en los invertebrados y mioglobina que hace lo mismo en los músculos estriados; citocromos que transportan electrones en la cadena respiratoria y en la fase luminosa de la fotosíntesis, las lipoproteínas que transportan lípidos, etc.

* Inmunológica y defensiva. Como ejemplos de este tipo de proteínas tenemos:

Trombina y fibrinógeno que son responsables de la coagulación de la sangre, mucinas germicidas y protectoras de las mucosas digestivas y respiratorias, inmunoglobulinas o anticuerpos sanguíneos que bloquean la acción de los antígenos.

* Hormonal. Como ejemplos de esta funcionalidad proteica tenemos:

Insulina que aumenta la permeabilidad para la glucosa de las membranas plasmáticas, glucagón que es antagónico de la insulina, somatotropa u hormona del crecimiento, etc.

* Contráctil. Debida a la posibilidad que tienen algunas para cambiar de forma manteniendo su estabilidad.Ejemplos típicos son: la actina y la miosina, responsables de la contracción muscular, la dineína de los cilios y flagelos, tubulinas de los microtúbulos y micrifibrillas, etc.

* Enzimática. Quizás la función más específica e importante de las protemas. Los enzimas que controlan el metabolismo celular son de naturaleza proteica.




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